哀牢山在气候上的主要作用在于：冬季弱冷空气被山体所阻，强冷空气翻过山体后已成强弩之末；西南暖湿气流东进时，又受山体阻挡，形成哀牢山以西、以南降水多于东部，气温较同纬度、同海拔的东部地区高，冬季寒潮入侵次数也较东部少。由于山体相对高差大，气候垂直分布明显，从山麓至山顶依次为南亚热带、中亚热带、北亚热带、暖温带、温带、寒温带气候。独特的山地气候使植被具有明显垂直分布。西南坡垂直分布由阿墨江河谷开始：海拔1100～1800米为普洱松林及季风常绿阔叶林带，1800～2200米为云南松林及半湿性常绿阔叶林带，2200～2800米为中山湿性常绿阔叶林带，2800米以上为山顶常绿阔叶矮曲林及灌丛带。东北坡植被垂直系列从元江河谷起：海拔500～1000米为干热河谷植被带，1000～2400米为云南松林及半湿性常绿阔叶林带，2300～2900米为中山湿性常绿阔叶林，2900米以上为山顶常绿阔叶矮曲林及灌丛带。
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