下面我说的方法就可解决你的问题，你不妨去试试就知道了，呵呵~
楼主所说的问题建议用桌面图标LNK木马专杀工具解决，我已朋友和楼主的情况类似就是用它解决的。
“桌面图标”LNK木马专杀工具功能：
1.清除流氓网站，恢复IE起始页
2.增强修复由“桌面图标”LNK木马造成的破坏，修复桌面图标、桌面快捷方式。
3.解决“我的电脑 打不开”等问题
4.修复“快捷方式被改exe.vbs”问题
5.解决桌面图标有蓝色阴影
6.修复后自动刷新，修复更完美
7.修复无法找到脚本“Winrar.jse”"monitor.jse"
8.修复文件夹变EXE变种，文件夹变EXE，文件夹变成快捷方式
9.修复EXE文件无法打开的问题
10.解决我的电脑不见了
下载地址百度一下金山卫士就出来饿了
点击右键，属性，快捷方式，更改图标。
可能是你之前的图标被删了，那就得换个图标了。
看一下属性，
是不是选择了隐藏？
如果是把隐藏前面的勾去掉就好了。
不是透明，应该是一块白色的方块吧，没事，有的时候就那样，自己更换一个，方法就像楼上说的
这和隐藏文件很像啊，肯定是设置错了，随便鼓捣都能好。
下个Win7优化大师里有修改文件图标的
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