①公园中的全部树木，既不是种群，也不是群落，更不是生态系统，①错误；②一块棉田中的所有的幼年的和成熟的棉蚜属于种群，②正确；③一个果园中所有的苹果树及其无机环境，既不是种群，也不是群落，更不是生态系统，③错误；④一片原始森林中的全部动物和绿色植物，既不是种群，也不是群落，更不是生态系统，④错误；⑤长江中的全部生物属于群落，⑤正确；⑥密云水库中的全部生物及其无机环境属于生态系统，⑥正确．故选：C．
