肛瘘的内口处理是治疗的关键所在。手术时如找不到内口，或内口处理失当，瘘管则不能完全治愈。即便有时伤口暂时愈合，因入口仍然存在，感染时仍易复发，形成肛瘘。因此，在手术之前，一定要仔细检查肛瘘的内口，完全切除或切开它，才能彻底治愈肛瘘。
