第一季的结局是他们抓到了沃德，科学家二人组被弗瑞局长救了，神盾局解散了，局长给了他们一个新的地址，那里是他们的新基地，斯凯的父亲还活着
在《神盾局特工》第一季的结局中，神盾局被九头蛇所毁，而库尔森带领着残余的神盾局成员在一个新的秘密基地中继续与九头蛇战斗。在这个过程中，他们发现了一种新的物质，这可能会导致他们找到一个新的潜在盟友。
