因为离子交换吸附蛋白质并不是特异性吸附，在某些情况下可能难以判断结合的蛋白质是否为当初设计的目的蛋白。
离子交换吸附依赖于蛋白质表面的静电荷，如果蛋白质结构比较特殊，可能会有在各种pH都难以结合上离子交换层析的情况。
离子交换层析对于等电点与目标蛋白接近的杂蛋白并没有很好的分离效果。
