《刺客信条》的剧情分两条线，一条是现实线一条是历史线。
一名叫做戴斯蒙的酒吧服务生，某天被一家叫做Abstergo的国际制药集团绑架，对方的研究员告诉戴斯蒙，其实他是古代刺客宗师的直系后裔，需要分析他的DNA来提取祖先的记忆，因为他的祖先Altair知道伊甸园碎片的下落，通过这种方法，Abstergo可以找到这个神器的线索。尽管戴斯蒙对自己被绑架一事非常愤怒，但还是被研究员们强迫推入了虚拟机Animus之中，返回了12世纪的中东。12世纪的圣殿骑士和刺客联盟的争斗一直延续着，戴斯蒙作为刺客宗师的后裔，找到了祖先阿泰尔的记忆。阿泰尔隶属于刺客组织阿萨辛，他的师父Mualim一直在寻找伊甸园碎片，这种神器的力量是给人幻觉，从而控制人的思想。
阿泰尔奉师父之名陆续杀死了九名圣殿骑士，为的是阻止第三次十字军东征，维护和平。当阿泰尔顺利杀死九名目标后，渐渐察觉到自己已被欺骗：原来，当年有十个人找到了一块伊甸园碎片，这十人正是九名被杀的骑士和自己的师父Mualim，他之所以利用Altair刺杀掉九名骑士，只是为了一人独吞伊甸园碎片，然后通过这个神器控制人们的思想，实现自己独裁的梦想。得知这一切真相的阿泰尔非常震惊，他火速返回刺客总部质问自己的师父，而目的达成的师父早已不管阿泰尔的生死，于是师徒二人展开战斗，最终阿泰尔成功杀死Mualim，得到了部分伊甸园碎片并将其埋藏，成为刺客联盟新的首领。
返回到现代的戴斯蒙，同样也得知Abstergo公司的计划：他们想通过戴斯蒙的DNA了解到伊甸园碎片的下落，找到并利用神器控制人类的思想，其目的与当年的Mualim基本相同。Abstergo已经持有部分伊甸园碎片，绑架戴斯蒙来此只是为了通过他找到当年被阿泰尔埋葬的碎片。这个时候Abstergo的研究员露西也向Miles表明身份，原来她是潜伏在Abstergo公司中的间谍，她的真实身份同样是刺客联盟的成员，为的只是帮助戴斯蒙逃离这里。Animus的实验结束后，戴斯蒙非常奇异的获得了祖先的神奇能力“鹰之眼”，通过这个能力他发现了在实验室休息间的秘密。原来，在他来这里之前，已经有16位刺客后裔曾被陆续绑架来此，在实验结束后惨遭杀害，休息间墙壁上写满了他们的遗言，一代结束。
《刺客信条2》依旧分为两条线……
戴斯蒙在露西的帮助下试图逃离实验室后，来到了一个藏身处，这里有一台Animus2.0虚拟机，露西让戴斯蒙进入其中，返回古代，继续通过祖先的记忆获得伊甸园碎片的线索，并通过探索未知记忆，获得祖先们的刺客技能（戴斯蒙已在前作中获得了阿泰尔的鹰之眼）。
这次戴斯蒙回到了意大利的文艺复兴时期，得到了他的另一位祖先艾吉奥的记忆（也就是戴斯蒙即阿泰尔之后的另一位祖先）。
艾吉奥生活在意大利的文艺复兴时期，他的父亲乔瓦尼表面上是一位银行家，实际上却是一名刺客，衣食无忧的艾吉奥过着贵族公子般的生活。突然有一天，乔瓦尼遭人出卖，刺客身份不仅被泄漏，还连累全家满门遭殃。幸免于难的艾吉奥依照父亲生前的提示，得知了家族的秘密：他们的家族是一个隐秘的刺客组织。
在伙伴们的帮助下，迅速成熟起来的艾吉奥学到了一身出色的刺客本领，继承了家族的基业。艾吉奥后来得知，一个叫做伊甸园碎片的神器散落各地，将这些碎片拼凑起来就是“黄金苹果”，通过它可以控制人类的思想。
在陆续刺杀多名敌人后，艾吉奥来到了圣殿骑士首领——教皇亚历山大六世的面前，他得知黄金苹果还需要加上权杖才能发挥真正的力量，艾吉奥跟随力量来到一个外星女人的影像前，知道了人类的起源，但还有更多疑问没来得及询问影像已经消失。
戴斯蒙返回现代后，得知秘密藏身处已经被Abstergo发现，于是众人又一次开始了逃亡。
在逃跑途中，戴斯蒙通过“鹰之眼”与艾吉奥的刺杀技能，成功击退了敌人的这一次攻击。
1说的是阿泰尔的故事...阿泰尔因为夺取金苹果失败，然后被降级，重新成为刺客，最后杀掉了最后一个圣殿骑士，也就是自己的师父，夺得了金苹果！现代剧情是戴斯蒙被abstergo公司带走做实验，因为animus的出血效应...最后发现了墙上的血书，而且发现露西是间谍...
2讲的是戴斯蒙被露西救走...为了寻找金苹果再次进入animus，进行了E子艾吉奥的时代...艾吉奥家庭被背叛，父亲哥哥与弟弟被杀害，自己带着妹妹和母亲来到叔父的家里成为刺客，在复仇的路上逐渐获取真相，最后找到了教皇波奇亚...用权杖和金苹果开启了密室，获取了神灵交代的地球毁灭的事情...
最开始主角是阿泰尔的主要讲的是 十字军东征时的黑暗面滥杀无辜啊 也说明了当时教皇的权力与基督教对整个欧洲的影响 以及人民的反抗建立了刺客联盟这种组织来反抗十字军，以及创建的过程。然后若隐若现的描述了金苹果。主要在艾吉奥三部曲（2 , 兄弟会，启示录)讲得比较主线。有什么问题继续追问我。希望对你有帮助。最好再给我加点悬赏分吧～～～～QAQ
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