网络恐怖主义与传统恐怖主义、黑客之间既有联系，又存在着本质和程度上的不同。网络恐怖主义首先是一种恐怖活动，本质上是企图通过制造能引起社会足够关注的伤亡来实现其政治或宗教目的。与传统的恐怖活动相比，它并不会造成直接的人员伤亡，而且它使用的科技手段更为高明、隐蔽。借助散布病毒、猜测口令进而攻入系统，置入木马程序进行后门攻击、截取程序等黑客攻击方法扰乱和摧毁信息接收和传递机制。
可以这么说，网络恐怖分子利用黑客技术实现其政治目的，但它又不像普通的黑客攻击那样，只是出于个人喜好或想成名的愿望，造成一般的拒绝服务和麻烦。它是出于政治目的，想引起物理侵害或造成巨大的经济损失，其可能的目标包括语音通话系统、金融行业、电力设施、供水系统、油气能源、机场指挥中心、铁路调度、军事装备等国家基础设施，因此它也是一种暴力行为。
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