MKV文件是一个容器，它包含一视频信息，音频信息，字幕信息（字幕独立于视频）等，在轮换时只转换了视频和音频部分，字幕没有被叠加在原视频上转换成视频，所以没有字幕。
如原MKV中视频中已经有字幕（字幕是视频中的内容，严格说不是字幕了）了，转换后的视频也会有字幕。
解决此问题的方法是转换时看有无输出字幕选项。
参照楼上回答，另外给LZ推荐一个比较常用的转换软件：格式工厂，支持音频、视频、图片的转换，几乎可以通杀所有格式，另外视频转换里也有字幕转换的选项。
我之前也有遇到这种情况，不过推荐你使用下酷旋风MKV视频格式转换，专业转换MKV视频到各种媒体格式和设备，当然也会支持iPad了，重要的事转换速度和效果都挺有保障。
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