A、据图示可知，一条染色体上可能有多个基因，可控制多对相对性状，A正确；B、图甲中的白眼基因和朱红眼基因不是一对等位基因，B错误；C、染色体由甲图变成乙图，因为该果蝇发生了染色体的结构变异，即倒位，C错误；D、由于某条染色体发生了倒位，同一果蝇细胞中可能同时存在甲图和乙图所示染色体，D错误．故选：A．
