人类对微生物缺乏认识的主要原因是微生物个体过于微小、群体外貌不显、种间杂居混生以及形态与其作用后果之间很难被认识等。因为这4个障碍的存在,使得微生物迟迟得不到认识。克服这些障碍是伴随着显微镜的发明,灭菌技术的使用,纯种分离和培养技术的建立等。