你好！增值税专用发票由销货方开具给购货方后，理论上只有当购货方将全联次发票在开票当月退回且购货方未进行抵扣的情况下才能作废。但是现实生活中，有很多会计误作废且没有及时通知购货方，造成你刚刚上述的那个情况。税务局让你进行补充申报税款是没有错的，等对方重新开票给你后你再进行抵扣。对方的税务局会对销货方进行相关处理，加收滞纳金等等，但是你这边确实还是要补税的。
