两家的宅基地重合问题，都有宅基证，但其中一部分重合

一、宅基地证依法应由县级政府颁发，否则不具有法律效力。
二、宅基地证与实际使用状况不符的，应以实际使用状况确定土地使用权。
《土地管理法》
第十一条　农民集体所有的土地，由县级人民政府登记造册，核发证书，确认所有权。
农民集体所有的土地依法用于非农业建设的，由县级人民政府登记造册，核发证书，确认建设用地使用权。
单位和个人依法使用的国有土地，由县级以上人民政府登记造册，核发证书，确认使用权；其中，中央国家机关使用的国有土地的具体登记发证机关，由国务院确定。
确认林地、草原的所有权或者使用权，确认水面、滩涂的养殖使用权，分别依照《中华人民共和国森林法》、《中华人民共和国草原法》和《中华人民共和国渔业法》的有关规定办理。
第十三条　依法登记的土地的所有权和使用权受法律保护，任何单位和个人不得侵犯。
《确定土地所有权和使用权的若干规定》
第五十六条　土地所有权或使用权证明文件上的四至界线与实地一致，但实地面积与批准面积不一致的，按实地四至界线计算土地面积，确定土地的所有权或使用权。

可以找上级土地部门或找县政府，要求行政复议，这是土管部门的错误造成的，
对复议结果不满意的，提起行政诉讼，要求行政机关更正错误

宅基证是土地管理部门发的吧。不是村委会发的。对此你们可以到发证机关要求更正。

协商不成，可由当地政府对该宅基地的使用权进行确权
纵横法律网 何向前律师