而光学显微镜最明显的区别就是电子显微镜的放大倍数远远高于光学显微镜，价格上电子显微镜的价格比光学显微镜的价格高，原理也不同，电子显微镜是利用电子与物质作用所产生之讯号来监定微区域晶体结构，微细组织，化学成份，化学键结和电子分布情况的电子光学装置。光学显微镜是利用光学原理，把人眼所不能分辨的微小物体放大成像，以供人们提取微细结构信息的光学仪器。简单来说光学显微镜相当于望远镜，而电子显微镜相当于雷达。
