1、清代的内阁是正式机构。刨除清末时《钦定宪法大纲》所规定的那个内阁（俗称皇族内阁），清代在大部分时间里以内国史院、内秘书院与内宏文院这内三院为内阁，六部在机构设置上从属于内阁。
2、军机处设立时还有六部，能够充任军机大臣的臣子不少就是六部堂官。军机处在机构设置上属于编外机构，不能和内阁相比，但是掌控的权力凌驾于内阁（内阁实际不掌权）。
3、明朝的内阁和清代的军机处是一个性质：都是编外机构，殿阁学士／军机大臣头衔本身无品级——因此在机构编制上不属于国家机关，而是皇帝的秘书机构，尽管在权利上凌驾于实际的国家机关。
清朝内阁大学时逐渐成为文官荣誉职位，没有实权。
设立军机处还有六部，军纪参与机要决策，六部具体执行
明朝内阁是秘书机构，不是中央行政机构。
内阁是明成祖朱棣设立的，是为了弥补宰相的空缺，相当于给皇帝设立一个顾问。逐步发展后在明宣宗的时候内阁真正形成了。明朝曾经形成了一套完整的政务体系，它在权力平衡方面堪称完善。
军机处是在雍正的时候设立的，六部肯定是存在的，在清朝的时候内阁徒有虚名，变成只是传达谕旨、公布文告的机构。
法定的肯定就是正式的，但正式的不一定都是法定的！
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