∵圆C:(x-1)2+(y-2)2=25,∴圆心C(1,2),半径r=5,∵点A(3,1)与圆心C(1,2)的距离d= 5 <5,∴A点在C内,连接AC,过A作AC的垂线,此时的直线与圆C相交于B、D,BD为直线被圆所截得的最短弦长,…(8分).∵直线AC的斜率kAC=- 1 2 ,…(10分)∴直线BD的斜率为2,则此时直线l方程为:y-1=2(x-3),即2x-y-5=0.…(12分)故选:B.