行政机关与行政部门与行政主管部门是三个不同层级和位阶的专业名词，要对三者进行区别，主要要在其概念和其特征及功能上进行区分。
行政机关是按照国家宪法和有关组织法的规定而设立的，代表国家依法行使行政权，组织和管理国家行政事务的国家机关，是国家权力机关的执行机关。主要特征表现为：行使国家行政职权，管理国家事务；行政机关在决策体制上一般实行首长负责制；行政机关行使职能通常是主动的、经常的和不间断的；行政机关是最经常、最直接、最广泛的和个人、组织打交道等。
行政部门又称为为执法部门，主要是指行政机构的内设组成部分，其主要工作就是执行法律，是三权分立中的其中一部份。
政府行政主管部门就是主管某个方面的政府部门，是指一个单位的上级（政府）管理机构。比工商行政主管部门就是工商局，土地行政主管部门就是国土资源局等等。
综上，如果抓住了行政机关与行政部门与行政主管部门的本质性内容，对三者加以区分并不困难。
依次为由大到小，包含被包含关系。
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