简单地说ELISA是检测是否存在某物质（如某种蛋白），而免疫共沉淀是为了检测目标蛋白与其他蛋白是否相互作用。ELISA一般方法是将目的物质的抗体加入，再加入能够结合该抗体的另一种被修饰的抗体，后者修饰部分是具有一种酶活性可将某种物质催化形成有色物质，因此显色阳性反应说明存在目标物质。而免疫共沉淀是将蛋白X抗体结合在固定相上，将细胞非变性裂解后浸泡固定相，吸取没有结合的杂质后检测被结合组分，这样所有在细胞中能结合X的蛋白质就一起被分离出来，因此可确定体内条件下蛋白X是否和其他蛋白相互作用。
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