A、细胞的结构决定功能，不同细胞器的功能不同，因此细胞器在细胞质中的分布与细胞的功能相适应，A正确；B、高尔基体是细胞内蛋白质加工和运输的场所，蛋白质的合成场所为核糖体，B错误；C、由RNA和蛋白质组成的核糖体具有特定空间结构，C正确；D、线粒体基质中进行了有氧呼吸的第二阶段，叶绿体基质是进行光合作用暗反应的场所，由于酶具有专一性，因此两者所含酶的种类不同，D正确．故选：B．
